Senza vedere è difficile ma così a pelle controllerei che:
Non ci sia qualche elemento che fuoriesce per qualche motivo dalla griglia e sfasa tutto
Tu non stia per qualsiasi motivo lavorando con una risoluzione che, per impostazioni responsive, manda a capo la colonna
Per qualche motivo le percentuali delle colonne siano tarate male o qualche css interferisca con esse
