Le pagine tradotte non possono essere indicizzate per un semplicissimo motivo:
la pagina che appare tradotta non e' il tuo sito, ma una pagina di Google con un po' di Javascript.
Fai la prova, traduci per esempio in inglese. Poi guarda l'url e vedrai che non e' la tua.
Se guardi il codice di quella pagina, vedrai che non appartiene al tuo sito, per cui non hai modo di inserire i metatag.
Potresti usare Joomfish, che ti consentirebbe di ottimizzare le pagine tradotte, ma il lavorone sarebbe quello di tradurre tutte le pagine manualmente