Comunque questo è un problema di struttura delle pagine del sito, con wordpress c'entra abbastanza poco... nel senso che Google e i visitatori del sito se ne fregano dei permalink e di wordpress, vedono le URL del sito.
Mettere tutte le pagine del blog sotto sito.com/blog/ è sicuramente la soluzione più "lineare" e corretta, però dipende pure da cosa ci devi fare col sito, perchè il blog sarebbe separato dal sito, se le pagine principali del sito (cioè quelle che vuoi posizionare meglio su Google) sono quelle del sito in html o del blog. Perché eventualmente si può anche installare WP nella root del sito e non nella cartella /blog/.