E si ... Ma conto di recuperarlo a breve! Sai darmi qualche dritta per gli analytics? Come devo modificare il codice?

Credo che bisogna fare un pò di chiarezza.

miosito.it/articoli-in-cera/ecc. è la URL (anche detta permalink dai fanatici di WP) ed è dove si trova l'articolo. un link invece è una o più parole cliccabili che ti permettono di spostarti in un'altra pagina. se parli di pagina "evidenziata" credo che invece ti riferisci a quando (nel menù o nei breadcrumbs) il titolo della pagina in cui ti trovi ha un aspetto diverso rispetto agli altri titoli (ad esempio è in grassetto, ha un colore differente o è sottolineata).

Sono tre cose differenti.

Per la URL se hai fatto tutto il sito con WordPress allora puoi risolvere il problema di avere /blog/ nella URL andando a modificare le impostazioni per le URL/permalink nel pannello di controllo di WordPress.
Se invece hai fatto un sito e poi ci hai installato un blog in una sottocartella tipo "miosito.it/blog/" allora la "home" del tuo blog sarà "miosito.it/blog/" quindi non puoi eliminare /blog/ dalla URL.

Riguardo alla SEO, sicuramente la parola "blog" nelle URL la eviterei, a meno che non ti vuoi posizionare con parole chiave tipo "blog sul fai-da-te" o simili.

Per la pagina "evidenziata" credo che c'è poco da fare, verrà evidenziata (giustamente) la pagina in cui ci si trova.

Allora DEVI fare 1 installazione di Wordpress e non 2 o 3.
Per il sito "normale" usi le pagine.
Per il blog gli "Articoli" che se diventano molti (+ di 30 per categoria) crei le categorie.
Lascia stare le cartelle e usa le categorie e poi da Wordpress nel link puoi far vedere le categorie come se fossero cartelle
sito . it / categoria1 / nome articolo
sito . it / categoria2 / nome articolo