Ciao Darius83.
Molte cose che dici sono ovviamente corrette: pensare di posizionare un solo sito per tante e tali parole chiave, con una impostazione molto statica e addirittura sperando che la singola pagina possa posizionarsi su più serp mi lascia parecchi dubbi. (Ovviamente sottintendo che le parole chiave che vi interessano siano quelle nei vari title).
Ritengo certi obiettivi davvero impossibili senza una massiccia operazione di link building, e non soltanto sulla pagina principale, ma pure sulle pagine più profonde. Anche gli anchor text che l'azienda ha dai siti che essa stessa gestisce non sono ottimizzati quanto, credo, potrebbero essere.
Riguardo alle description, potrebbero essere più curate: secondo il mio parere, meglio non inserire il campo che scrivere soltanto "progettazione software".
Rimanendo comunque sulle questioni on-site, credo che il più grosso danno al posizionamento venga dato dal "noindex,follow" sulle pagine alle quali si accede dal menù principale: in questa maniera si perde PageRank, tematizzazione e la forza delle anchor text per le url più interne.
Sottolineo poi il caso della pagina ittweb.net/progettazione-software/progettazione-software (che dovrebbe scalare la chiave principale) e che è praticamente irraggiungibile al motore di ricerca.
Spero di essere stato abbastanza chiaro; in ogni caso resto a disposizione della discussione.
Buon lavoro!