Provo rispondere anche se non è il mio campo di attività.
Andrebbe chiarito se il tedesco si è identificato in Italia ai fini IVA tramite rappresentante fiscale oppure no.
Se non ha rappresentante fiscale mi sembra corretta la tua soluzione per quanto riguarda il fisco italiano l'unico adempimento è il pagamento di IVA e dazi in dogana, il resto (contabilizzazione dei documenti) riguarda il fisco tedesco di cui sinceramente non so nulla.
Fabrizio