Sei poi riuscito a farlo funzionare?

Funziona!!!
Ho modificato l'istruzione di url rewriting e l'ho inserita prima di tutte le altre:

RewriteRule ^([a-zA-Z0-9-_]+)/?$ index . php?page=$1 [NC,L]

Però, sinceramente, non so spiegarvi il motivo.
Se magari qualcuno sapesse spiegarlo tecnicamente gliene sarei grata.

Perfetto!
Questo tipo di modifiche sono in grado di farle. Grazie.

Ok, ho cercato in rete e ho trovato una persona che consigliava di fare così:

Turn on rewrites.

RewriteEngine on

Only apply to URLs on this domain

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(ww.)?domain.com$

Only apply to URLs that aren't already under folder.

RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/folder/

Don't apply to URLs that go to existing files or folders.

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

Rewrite all those to insert /folder.

RewriteRule ^(.*)$ /folder/$1

Also redirect the root folder.

RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(ww.)?domain.com$
RewriteRule ^(/)?$ folder/index.php

Funzionare, funziona. Anche se in realtà non ho capito benissimo cosa ho fatto...
Facendo il check dei links su Tuttowebmaster non me li vede più errati e se accedo al sito dall'indirizzo
miosito.it/pagina.html la pagina si vede.
Che ne dite?