Ciao alex231,
non ho mai sentito di sitelink rimossi a causa dell'iscrizione agli Strumenti per Webmaster di Google. Più che altro non capisco che senso potrebbe avere...
I fattori che portano alla scomparsa dei sitelink, che io sappia, sono generalmente 2: o i tuoi link in ingresso sono diminuiti/hanno perso di valore oppure Google ha notato che i tuoi sitelink non venivano cliccati dagli utenti. Se il traffico proveniente da Google è rimasto costante, la prima ipotesi diventa assai improbabile. Dalle statistiche di accesso, puoi determinare quanto i tuoi utenti cliccassero sui sitelink?
Ulteriore ipotesi, facile da verificare, sarebbe quella di uno stravolgimento della struttura interna del sito, tale da non permettere a Google di venirne a capo.
Spero di averti dato buoni elementi di analisi e che altri utenti possano dirti la loro opinione.
Buon lavoro!