Si in effetti mi sono espresso male... il mio commercialista mi ha consigliato di non farle per il momento (sono un pò rognose), però lavorando spesso con acconti mi trovo praticamente costretto a farle. Comunque è chiaro che nel caso le faccia, il mio commercialista sarebbe il primo a essere avvisato!

Supponendo di non essere in contabilità ordinaria potresti limitarti a rilasciare ricevute (appunto di caparra confirmatoria) in marca da bollo da gestire in modo extracontabile.
All'atto della fatturazione finale ti farai corrispondere l'importo completo senza alcuna evidenza della caparra e provvederai a restituire l'importo della stessa (previa restituzione della ricevuta).

Prova a ventilare questa soluzione al commercialista.

Altrimenti non ci vedo nulla di particolare a fatturare tale importo (soggetto ad IVA)
All'atto della fattura finale (per l'importo complessivo) aggiungerai un rigo con la dicitura a detrarre importi già fatturati come caparra confirmatoria con ft ...etc...

Con tale metodo metterai comunque a posto la faccenda dell'IVA perchè tale rigo di fatto annullerà contabilmente la fattura della caparra.

però se lo fatturo prima sarebbe un acconto anzichè una caparra... E poi c'è il problema che in questa fattura non saprei che aliquota applicarci (comprando su ebay spesso all'inizio non so se sarà regime del margine o 20% iva).
Riguardo alla soluzione scritta sopra è possibile per legge emettere una ricevuta come garanzia e poi farsela restituire?

Puoi applicare l'aliquota normale (20%) poi in fase di fatturazione finale va tutto a posto in ogni caso.
Non capisco poi perchè non puoi fatturare come caparra confirmatoria.
L'ENEL evidenzia in fattura cose sul tipo di "Cauzioni etc.."
Ti è stato PROIBITO dal tuo commercialista?

No non me l'ha proibito il commercialista, non penso che posso emettere una fattura come caparra confirmatoria, perchè o è una o è l'altra.
L'importo della caparra sarà soggetto a fatturazione solo quando verrà emessa la fattura a fine lavoro, non prima!
Nel caso emettessi prima una fattura facendola valere come caparra non sarebbe una caparra ma bensì un acconto, quindi la controparte potrebbe richiederne la restituzione.

Riporto quanto trovato su internet:
"L'imputazione di una somma a titolo di caparra, anziché di acconto, o di anticipo, la sottrae all'imposizione IVA in quanto, proprio per la prevalente funzione di garanzia contro l'inadempimento, non può considerarsi principio di pagamento. Il suo importo è quindi soggetto a fatturazione solo quando diverrà a tutti gli effetti parte del pagamento, quindi al buon fine del negozio.
Per questa ragione, il non accorto utilizzo di termini solo apparentemente equivalenti come "anticipo" o simili, può comportare sensibili differenze nell'interpretazione anche fiscale del contratto."

Questo tipo di documento ha una disciplina fiscale tutta sua, per questo può risultare antipatico ad un commercialista... Però sembra che sia molto efficace, più del normale acconto.

In tal caso limitati a normali ricevute in bollo e quando emetterai fattura evidenzierai quanto già versato a detrarre da quanto dovuto.
Tanto per stare sul sicuro perchè non fai una visita all'ADE e chiedi come operare?

Vedi anche quì:

http://www.integra-online.it/images/circolari/89_circolare_allegato_1.pdf

Ok grazie del suggerimento

La differenza tra acconto e caparre è sostanziale
La caparra ha funzione risarcitoria in caso di inadempimento da parte di uno dei contraenti. L?acconto, al contrario, non è altro che il pagamento
di una parte del prezzo e, secondo quanto dispongono le norme Iva, deve essere fatturato al cliente con Iva nel giorno stesso in cui è stato riscosso.
Spesso i due termini (caparra e acconto) vengono trattati come sinonimi e intercambiabili tra di loro.
È evidente che è necessario che sulla ricevuta che lei rilascia indichi «acconto» se ha effettivamente voluto considerarlo in conto pagamento.
Al contrario, se si è inteso stabilire contrattualmente una caparra, deve indicare semplicemente «caparra» e ciò indipendentemente dal prezzo
concordato.

Qualora le parti si accordino per scomputare la caparra dal prezzo pattuito, la stessa va assoggettata ad Iva; infatti, nella prassi commerciale si
usa versare una caparra confirmatoria (non soggetta ad Iva), che, in caso di esatto adempimento, è considerata come acconto in fattura di vendita con applicazione dell'Iva.

L'imposta di registro dello 0,50% sulla caparre mi risulta che sia dovuta solo per la registrazione obbligatoria dei preliminari di vendita di beni immobili.

Altro dubbio... la caparra deve avere marca da bollo da 1,81 giusto? A quale delle 2 parti va il documento l'originale?

1. Giusto
2. A chi sborsa.