Non ho quei parametri:

//hook into the init action and call create_post_taxonomies when it firesadd_action( 'init', 'create_post_taxonomies', 0 );


//create two taxonomies, genres and writers for the post type "post"
function create_post_taxonomies() 
{
  $labels = array(
    'name'                => _x( 'Rubriche', 'taxonomy general name' ),
    'singular_name'       => _x( 'Rubrica', 'taxonomy singular name' ),
    'search_items'        => __( 'Cerca rubriche' ),
    'all_items'           => __( 'Tutte le rubriche' ),
    'parent_item'         => __( 'Genitore rubrica' ),
    'parent_item_colon'   => __( 'Genitore rubrica:' ),
    'edit_item'           => __( 'Modifica rubrica' ), 
    'update_item'         => __( 'Aggiorna rubrica' ),
    'add_new_item'        => __( 'Aggiungi una nuova rubrica' ),
    'new_item_name'       => __( 'Nome nuova rubrica' ),
    'menu_name'           => __( 'Rubriche' )
  );     


    $rewrite = array(
        'slug'                       => '',
        'with_front'                 => false,
        'hierarchical'               => false,
    );


    $args = array(
        'labels'                     => $labels,
        'hierarchical'               => true,
        'public'                     => true,
        'show_ui'                    => true,
        'show_admin_column'          => true,
        'show_in_nav_menus'          => true,
        'show_tagcloud'              => true,
        'rewrite'                    => $rewrite,
    );


  register_taxonomy( 'rubriche', array( 'post' ), $args );
}

Avevo capito che rubriche era un tipo di contenuto, non una tassonomia.
Ad ogni modo, è molto difficile fare un debug in questo modo, senza poter fare prove. Rimango dell'idea che il problema sia la creazione di taxonomy e/o post custom. Te lo dico perché ho già avuto in passato molti problemi simili e facendo una semplice ricerca su google i risultati in merito sono molteplici.

Mi spiace che non siamo arrivati a una soluzione.
Così dall'esterno non credo di riuscire a fare di più.

Dici che provando ad eliminare la nuova tassonomia il problema potrebbe risolversi?

Beh, eliminarla è davvero una soluzione drastica, immagino che i tuoi contenuti vi siano associati, perderesti ogni catalogazione.
Però di certo proverei a giocare con i parametri che regolano le proprietà della tassonomia: il fatto che abbia o meno un archivio, il fatto che abbia un permalink, ecc.

Proverei inoltre a fare un flush dei permalink.
Ma tu, ad esempio, non ti ricordi se la creazione di questa tassonomia può in qualche modo coincidere con il periodo di "rottura" dei feed?
Hai detto che è fermo ad un mese fa su feedburner, forse circa un mese fa hai aggiunto la tassonomia?

Il periodo in effetti coincide. Che mi consigli di fare?

Purtroppo non saprei consigliarti nulla di diverso da ciò che ti dicevo: provare a cambiare le impostazioni su archivi e permalink, un paio di parametri te li segnalavo nei post precedenti. Si tratta indubbiamente di fare un debug sul tema in modo intensivo, in tempi rapidi.

Abbiamo provato con il botta e risposta sul forum, ma non è ottimale.
Se pensi di non avere sufficiente dimestichezza oppure non riesci ad investire molto tempo, valuta una consulenza professionale.

Ok, intanto ti ringrazio moltissimo per la pazienza!

PS: Ho deciso di rimuovere la tassonomia personalizzata e di usare delle categorie, ma il problema non sembra dipendesse da quello (isignoridellemosche.it/feed).

Prego, non preoccuparti.
Nella tua home, comunque, guardando il sorgente non si scorge nessun tag per il feed. Sei sicuro che nel template, quando hai personalizzato la paginal'hai messo?

Nelle pagine delle categorie invece c'è e infatti funziona. Guarda ad esempio il sorgente della pagina Ambiente, nel sorgente c'è questo:

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" href="http://isignoridellemosche.it/ambiente/feed/" />

Quindi è un errore nella creazione del template.
Qui: http://codex.wordpress.org/WordPress_Feeds puoi apprendere come aggiungere un feed sul template della home page.
Oppure semplicemente apri un altro tema e guarda come si fa. Va messo ```
<?php bloginfo('rss_url'); ?>

In realtà c'è :

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS 2.0" href="feeds.feedburner.com/ISignoriDelleMosche" />

E anche inserendo questo, non cambia nulla:

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" href="isignoridellemosche.it/feed/" /> 

Non va mica messo a mano.
Il primo che indichi non è certo WordPress a generarlo, il secondo l'hai messo manualmente e di certo non funziona.

Leggi attentamente la pagina che ti ho indicato.
Lì è descritto come ottenere un link feed dal template, facendolo generare al CMS.

Non è inserito manualmente, c'è questa stringa (WooThemes):
[PHP]<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS 2.0" href="<?php if ( get_option('woo_feed_url') <> "" ) { echo get_option('woo_feed_url'); } else { echo get_bloginfo_rss('rss2_url'); } ?>" />[/PHP]

E non credo sia qui l'errore: fino a febbraio ha sempre funzionato e qui non ho toccato nulla.