Dici che provando ad eliminare la nuova tassonomia il problema potrebbe risolversi?

Il periodo in effetti coincide. Che mi consigli di fare?

Ok, intanto ti ringrazio moltissimo per la pazienza!

PS: Ho deciso di rimuovere la tassonomia personalizzata e di usare delle categorie, ma il problema non sembra dipendesse da quello (isignoridellemosche.it/feed).

In realtà c'è :

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS 2.0" href="feeds.feedburner.com/ISignoriDelleMosche" />

E anche inserendo questo, non cambia nulla:

<link rel="alternate" type="application/rss+xml" href="isignoridellemosche.it/feed/" /> 

Non è inserito manualmente, c'è questa stringa (WooThemes):
[PHP]<link rel="alternate" type="application/rss+xml" title="RSS 2.0" href="<?php if ( get_option('woo_feed_url') <> "" ) { echo get_option('woo_feed_url'); } else { echo get_bloginfo_rss('rss2_url'); } ?>" />[/PHP]

E non credo sia qui l'errore: fino a febbraio ha sempre funzionato e qui non ho toccato nulla.