Fare ipotesi senza avere niente da controllare è un po' difficile.. Ma se la situazione è quella che credo, si può assumere che, tra gli script php, ce n'era uno infetto che, ogni volta che veniva eseguito (ossia ogni volta che lo script php viene richiesto), andava a inserire il frame in tutte le pagine "possibili".. Quindi, anche se te cancellavi il frame, lo script, una volta caricato, te lo faceva ricomparire.
Se, come hai detto te, aggiornando i file il problema si è risolto, ciò può significare che lo script "infetto" è uno dei file aggiornati, che venendo quindi sostituito non presenta più il codice maligno che aggiunge il frame alle varie pagine ogni volta che viene caricato.
Questa, ovviamente, è solo un'ipotesi fatta col (quasi nullo) materiale a disposizione.. Non prenderla per oro colato, ma mi sembra una cosa plausibile
