Qui il discorso sarebbe lungo.
Intanto il concetto di infinito in informatica non esiste, tutto è discreto e limitato, per quanto grande. Il fatto che non esista un limite al numero di utenti non significa che Joomla sia adatto a gestire 100k utenti attivi, ma la stessa cosa vale per WordPress, Drupal e tanti altri CMS. Ogni CMS ha i suoi pro e contro.
Parliamo di cms open source molto diffusi e che devono adattarsi a tantissime situazioni, quindi dotati di tanti componenti e plugin, alcuni dei quai non si useranno e però continueranno ad esserci, mettendo a rischio la sicurezza del sito. Joomla e WordPress vengono attaccati di più di altri sistemi perché sono diffussissimi - e questo piace agli hacker (cracker) - ma anche perché sono facili da studiare in quanto aperti.
Sul piano teorico però il problema non c'è: se butti in una tabella di mysql 100k record di utenti, quella funziona. E anche Joomla funziona. Il problema è di affidabilità ed efficienza. La tua vettura può essere sicura a 120 km/h, non è detto che lo sia a 180 km/h se hai 400 kg nel portabagagli.
Il problema è anche di performance: se dovessi gestire molti dati forse non mi affiderei a php, perché è più lento.
Penso tuttavia che questo potrebbe (non scrivo sia perché non conosco il progetto) non essere il caso tuo. Joomla gestisce 3000 utenti, che magari non saranno neanche troppo attivi (c'è differenza). Dovresti fare un'ipotesi di carico e capire cosa accade a livello di server e se c'è qualcosa che possa andare in crisi.