Non so quanto pesanti sono le varie parti della tua pagina e se è quindi un grosso problema ricaricarli ogni volta. Se contengono scripts o altro si possono facilmente mettere in un foglietto esterno. Usare i div ha senso se la pagina è abbastanza statica: c'è solo una parte della pagina che cambia e gli altri frame servono per header, menu e eventualmente footer.
Dreamweaver puoi usarlo anche semplicemente come editor di testo. La comodità è che ti consente di salvare una pagina base con le parti che non cambiano come modello. In quel modo non devi riscrivere l'header e il menu per ogni pagina da capo. Poi le pagine proprie del tuo sito gli crei da questo modello e puoi inserire i contenuti nelle parti della pagina che sono invece modificabili. Se vuoi modificare il layout di tutte le pagine, basta cambiare il modello e tutti si aggiornano automaticamente. Ovviamente sui possono avere anche più modelli per sito.
Anche se anch'essi ormai stanno passando di moda con le modalità tabelle è abbastanza facile lavorare su Dreamweaver, quindi anche quella può essere un'opzione. Dipende da come sei abituato a scriverli ora.
Se il contenuto della pagina invece deve cambiare dinamicamente è meglio un linguaggio come php. Si può anche fare con i css e javasript, ma oltre un certo punto la quantità di javascript rischia di appesantire troppo la pagina. Cambiare l'intero sito in php è però un processo impegnativo e richiede un pò di apprendimento del linguaggio se non usi un cms.
Se invece vuoi continuare ad usare i frames ci sarebbero dei javascript che intervengono sulla presenza di barre di scorrimento. Il problema è di trovarne uno che sia compatibile anche con i browser più nuovi. Ho constatato che molti vecchi script non funzionano più e dato che i frames vengono sempre meno usati, ovviamente non c'è l'interesse di aggiornarli.
Se puoi postare un link al sito sarà più facile darti dei consigli sul modo meno complicato di cambiarlo.