Ti ringrazio per la risposta.
Dalle opinioni in rete mi è sembrato di capire che in ogni caso, poichè nel dominio e nel sottodominio ci sarebbero ovvi link reciproci, anche se il sottodominio è considerato a parte, può influenzare negativamente (e molto) il dominio, proprio per i link che collegano l'uno all'altro (e che sarebbero numerosi (profilo utente sul dominio - blog utente sul sottodominio per i blog, per tutti gli utenti)).
Credo che opterò per una cartella nel dominio principale, impedendo la lettura e l'indicizzazione del contenuto tramite il file robot.txt.
Mi dispiace per i miei utenti, ma devo salvaguardare il sito.