Se la tua partita iva è gestita dall'azienda immagino che paghino loro il commercialista e questo sinceramente è l'unico vantaggio che vedo. Se la gestisci tu avrai un rapporto diretto con il consulente che ti consiglierà su costi deducibili e altro.
Per la lettera d'incarico definirei bene la natura delle prestazioni (cosa devi fare ed in che modo) la forma ed i tempi di pagamento, chiarirei bene chi si assume la responsabilità dei lavori fatti nei confronti del cliente.
Per altri aspetti bisognerebbe conoscere più dettagli, magari parlane con il commercialista che poi ti seguirà.

Per la nuova finanziaria parlano di inserire una importo fisso di tasse da pagare in base al fatturato. In tal caso si eliminano molti adempimenti (tenuta contabilità ecc..), poi bisogna vedere quanto è questo importo fisso.

Fabrizio