Ciao Wakkos.
Assodato che i contenuti duplicati fanno male e vanno evitati, la penalizzazione non è automatica. Non capisco tuttavia a cosa ti riferisca quando parli di "e-commerce" e "sito": sono due domini diversi? In ogni caso ti consiglio di modificare almeno parzialmente le descrizioni e soprattutto di variare il contenuto delle pagine, specialmente quello "principale".

Analogamente a quanto detto sopra, fornisci descrizioni parzialmente diverse anche ai tuoi clienti.

Non so quale sistema utilizzi, ma potresti creare una tabella su un db separato che contenga le descrizioni per i clienti, da inserire in un campo del backend. Ti occorrerebbe poi qualcosa per l'esportazione nel csv. In alternativa potresti fornire un xml.
Buon lavoro.
F.

Con Redirect 301 o con Error 404?

Ciao wakkos,
l'ideale è creare gruppi di annunci mirati e specifici, raggruppando parole chiave per pertinenza ed argomento, in modo che a queste possano corrispondere annunci altrettanto specifici.
Gli annunci possono essere pubblicati a rotazione per clic, per conversione, uniformemente, a tua scelta.

nessun altro?

Confermo quanto dice codencode, prova a cercare su google il nome di alcuni dei tuoi prodotti per vedere se appare il box di google shopping nella serp web e se tu sei nelle prime 3 posizioni, altrimenti affina la ricerca per shopping e lì dovresti trovare i tuoi prodotti.
Ciao.

no gli alias sono compresi. mi pare fino a 30 alias/utente. Comunque ti conviene sentire direttamente loro

ok grazie per le informazioni!
provvedo subito a modificare il secondo sito...