Ciao Trancione,
puoi preparare un template per ogni sezione se abbinata a una determinata categoria o tag.
La gerarchia dei template di WP infatti come prima cosa cerca una pagina category-(slug).php
Se non la trova cercherà il file category-(IDcategoria).php e a scendere: catogory.php > archive.php > index.php

Cerca Gerachia dei template sul Codex di WP

Quindi crei un file category-(slug).php che carica il CSS per quella categoria avrai i tuoi colori.
Spero di esserti stata di aiuto