Ciao Toblerone e benvenuto nel forum GT
Ti rispondo non da avvocato, ma in qualità di tecnico.

La progettazione dei lavori pubblici può essere svolta direttamente dall'ufficio tecnico comunale; ciò costituisce anche un notevole risparmio di spesa per le casse comunali.
Infatti la parcella del dipendente comunale non viene calcolata con la tariffa professionale, ma con una percentuale di molto più bassa.

Premesso questo, la verifica che innanzitutto può essere fatta è se il progettista comunale incaricato sia in possesso dei requisiti di legge sufficienti per svolgere quell'incarico (ad esempio se è geometra, oltre lavori standardizzati e di modesta entità non potrà andare, se riveste la qualifica di coordinatore per la sicurezza in base al d.lgs 494/96 deve avere i requisiti necessari, tra cui l'attestato a specifico corso di abilitazione).
Scoprire carenze di questo tipo potrà rendere nullo l'affidamento dell'incarico. Oltre a provvedimenti di natura deontologica da parte dell'ordine o collegio professionale.

Per il resto, naturalmente, è una situazione delicata che va presa con la dovuta cautela, e con l'ausilio di un legale, che valuterà se il caso o meno di procedere.

Mi fermo qui; magari un avvocato del forum potrà aggiungere qualche elemento in più.

Ciao