Realizzare una "buona" struttura interna dei link è fondamentale per:
guidare la navigazione dei proprio utenti verso i contenuti più importanti (ad esempio in termini di ROI)
indicare ai motori di ricerca le sezioni con più valore cercando di concentrare su quelle pagine il massimo del rank
E' vero che di solito si ha un menu di navigazione presente in tutte le pagine che dunque le mette gerarchicamente tutte sullo stesso livello, però:
è importante considerare l'organizzazione interna dei link alla luce dei link esterni al sito, che sono l'unico (o comunque il principale) modo che abbiamo per portare "rank" alle nostre pagine. Se dunque abbiamo tutti i link esterni che puntano alla homepage (una pratica non ottimale ma comunque inevitabilmente molto frequente) bisognerà fare in modo che dalla home page il rank sia distribuito nella maniera migliore possibile sulle sezioni più importanti (chiaramente che cosa vuol dire "importante" varia da sito a sito e ogni proprietario sa quello che è meglio per lui)
in queso senso sono molte le variabili che possiamo mettere in campo, tra cui:
breadcrumb: quelli sono link interni, per cui pagine interne di solito puntano alle pagine di livello "superiore" fino alla homepage concentrando su queste la loro link juice
link contestuali: nessuno ci vieta di inserire ulteriori link a importanti sezioni o pagine del sito all'interno del testo di un'altra pagina (oltre dunque ai link presenti nel menu di navigazione)
nofollow: se vogliamo aggiungere link a sezioni meno importanti che non meritano di ricevere link juice dalla pagina che li linka evitando così di diluirla possiamo usare l'attributo "nofollow"
link "promozionali": se abbiamo alcune sezioni o pagine del sito che vogliamo promuovere o evidenziare possiamo aggiungere - ad esempio in una barra laterale - un link o un banner diretto a quella pagina
Insomma, creare una valida struttura interna dei link è abbastanza un arte - o quantomeno bisogna dedicarci un po' di attenzione!
Per quanto riguarda infine un tool per analizzare i propri link interni, suggerisco questo (consigliato anche da Google):
http : / / home . snafu.de/tilman/xenulink.html