@redsector said:

La cosa non è chiara.
Dovresti spiegare meglio che entità giuridica sei verso il committente italiano.
Secondo me se paghi le tasse in svizzera, puoi fare una nota spese semplice semplice. loro si fanno l'autofattura e ci mettono sopra l'iva e sono apposto.
Dovresti indagare con loro anche il motivo del rifiuto, magari parlando direttamente con il contabile.

Difatti io la vedo così, ma loro sostengono che l'autofattura si esegue soltanto per l'acquisto di beni e non servizi. Continuerò a cercare, comunque grazie per alcuni chiarimenti.