Bisogna capire perchè il commrcialista faccia pagare il tributo, penso che la cosa migliore sia un incontro con il professionista in modo da chiarire la situazione ed eventualmente se ci sono gli estremi richedere il rimborso.

Non trovando tale casistica nel novero delle borse di studio esenti, presumo che tale borsa di studio Non sia esentata da Irpef e, quindi, debba essere assoggettata ad imposizione.

Credo sia difficile dimostrare una colpa dell'amico...
Sull'IRAP bisogna valutare bene se è possibile e conveniente presentare istanza di rimborso (che molto probabilmente andrà nel vuoto richiedendo un contenzioso).