@Federico Sasso said:
ciao tanteidee,
non sono sicuro di aver appieno compreso la tua domanda, ci provo lo stesso e semmai con qualche botta e risposta riusciremo a sintonizzarci 
Ti è chiaro che con un dominio .it non sei in grado di specificare una geo-localizzazione in GWT.
Se non erro non dovrebbe esserti nemmeno possibile creare un nuovo profilo di sito .it/en/
Ciò non vuole dire tu non possa in qualche modo riuscire a indicizzare i contenuti nelle lingue desiderate, solo mancherà quel piccolo "boost" dato dalla geo-localizzazione.
Non vedo il motivo di mettere il nofollow sui link che ti permettono di passare da una lingua all'altra. Se sono disponibili per ogni pagina, e i contenuti italiani e /en/ sono una copia 1:1 (potresti chiarire questo punto?), saresti anche nello scenario ideale per utilizzare l'attributo hreflang sui link bandierina.
All'interno dello stesso profilo GWT puoi inviare quante sitemap vuoi. Nel tuo caso potresti usarne due distinte, una per l'Italiano e una per l'Inglese.
Ancora, se le pagine sono una traduzione 1:1, potresti decorare le sitemap anch'esse con gli attributi hreflang.
Google in presenza di testo nelle pagine è piuttosto bravo a inferire la lingua, tuttavia aggiungerei l'attributo lang nell'html/head, soprattutto a uso e consumo degli altri motori di ricerca.
Spero d'esserti stato utile e aver risposto alle tue domandeCiao Federico, hai capito benissimo e scusa se sono stato poco chiaro in alcuni aspetti!
Intanto aggiungo che il sito è basato su WordPress, uso il plugin Transposh, ma quasi la totalità del sito è tradotto manualmente. Transposh mi ha permesso di creare una directory virtuale /en/ per la lingua inglese. I contenuti italiani e inglesi sono 1:1. Le URLs sono uguali, ma posizionate in directory diverse, l'italiano nella radice, l'inglese in /en/. Pensi che URLs uguali ma in directory diverse, possano penalizzare il posizionamento?
Anche se il dominio è .it, in Strumenti per i webmaster mi è comunque possibile creare un dominio con l'aggiunta della directory /en/, il mio intento era quello di inviare una sitemap con solo le pagine inglesi da questo dominio con /en/, pensando che in questo modo le pagine sarebbero state indicizzate esclusivamente per i Google stranieri ad eccezione di quello italiano, ma ho capito che sarebbe stato così grazie alla geolocalizzazione. Quindi, abbandono questa cosa dei 2 domini in Strumenti per i webmaster oppure pensi che in questo modo possa analizzare meglio i dati cercando una minima separazione tra versione italiana e inglese?
Utilizzando hreflang nella sitemap, Google riesce a separare i risultati italiani da quelli inglesi?
Tutto questo per evitrare di ritrovarmi risultati doppi del tipo:
.it/azienda/
.it/en/azienda/
.it/prodotti/
.it/en/prodotti/
Nelle pagine inglesi io utilizzo <html xmlns="..." lang="en"?, va bene oppure devo mettere altro?
Grazie!