Ciao Simone,
onde evitare problemi ti consiglio di prendere in considerazione un bel redirect 301, attraverso il quale reindirizzi le vecchie url alle nuove. In questo modo risolvi tutti i problemi che ti sei posto.

Ciao Simone e benvenuto sul forum gt...è passato quasi un anno dal tuo quesito..

Per migliorare la profondità dell'indicizzazione è importante che il sito riceva link.

Detto questo non prendere tutto per oro colato quello che ti dice il GWT: anzi...non preoccuparti di quante pagine non ti ha indicizzato, vai su Google Analytics e cerca di capire quali e quante pagine non ricevono traffico dall'organico