Anche a me non è molto chiaro il problema e credo che la soluzione sia più semplice di quel che sembra.
Ad esempio se devi eseguire del codice prima di ogni altra cosa crei un header-home.php con il codice che vuoi e in front-page.php lo richiami con get_header('home');
Oppure all'interno di front-page.php puoi inserire solo HTML statico.
Questi funzionamenti non cambieranno mai anche se aggiorni i plugin.
Per rendere il tutto statico invece puoi usare il plugin simply static.