Ho risolto, se a qualcuno dovesse servire riporto la procedura di seguito:
ho spostato il file index.php dalla cartella nomedelsito.com/wordpress alla root principale ed ho modificato la riga
da:
require( dirname( FILE ) . '/wp-blog-header.php' );
a:
require( dirname( FILE ) . '/wordpress/wp-blog-header.php' );
Poi ho modificato i permalink Indirizzo sito (URL) in nomedelsito.com
(Visto che su server win non esiste il file .htaccess) ho spostato il file web.config dalla cartella wordpress alla root principale
Tutto funziona correttamente