Se sono link utili al visitatore (ad esempio link nel menu che vengono fuori al click e che permettono di navigare nel sito) non possono essere considerati link nascosti dannosi. La prima regola per l'ottimizzazione di pagine per im motori di ricerca, a mio avviso, è quella che dice di pensare principalmente al navigatore e non al motore di ricerca.
Il problema è che, pur cominciando a leggere i link in javascript (alcuni sostengono, non ricordo dove l'ho letto, che i link devono essere assoluti e non relativi per essere visti dal motore di ricerca), non ancora considerati come semplici link html <a>.
Quindi, se i link sono rivolti al visitatore e non sono stati nascosti apposta per ingannare google, non dovrebbero esserci problemi di penalizzazione... considera però il fatto che i link in javascript non sono al pari di quelli semplici in html.