Non penso convenga fare a mano, io preferisco che il processo sia automatico per non dover perdere tempo con ogni singola transazione che viene fatta a qualsiasi orario e quasi ogni giorno. Comunque è una cosa che puoi valutare col tempo.
Il sistema per creare fatture di PayPal purtroppo non contiene alcuni degli elementi che ti servono, come appunto il fatto di fare distinzione tra abitanti di diverso Paese o riconoscere se il pagante è privato o azienda.
Non ricordo in dettaglio, ma nel 2010 contattai l'assistenza, e mi confermarono che quello che chiedevo non era fattibile.
Non so se qualcosa sia cambiato oggi, ma dubito: è l'Italia che non è ancora un Paese adeguato per l'ecommerce, non dovremmo essere obbligati a conoscere i dati e rilasciare fatture ad ogni singolo cliente, proprio come nei negozi normali con scontrino.