Ciao ol-gerva e benvenuto sul forumGt,
sicuramente un link che ti può essere utile è la pagina del codex di wordpress dove viene spiegata la gerarchia dei file: http://codex.wordpress.org/Template_Hierarchy
Per visualizzare i CPT devi usare il file archive-cpt.php (cpt è il nome che hai dato al custom post), se alcuni file li vuoi gestire in modo diverso allora devi crearti delle pagine dove personalizzerai il loop a secondo delle tue esigenze.
Se hai altre domande chiedi pure.
Ciao
Enea