Non l'ho mai utilizzato per il drop shipping, ma ti consiglio di valutare anche Magento. Per verificare l'esistenza di estensioni fai una ricerca su Google (ce ne sono, anche con demo online).
Il database non è un problema se è progettato e manutenuto bene, a mio parere non lo è neanche con WordPress. Se però conosci bene Joomla e Virtuemart pensaci prima di cambiare.