Si in effetti potresti disattivare quella opzione, anche se potrebbe aiutare google ad aggiornare gli indici con le nuove url.
Magari si potrebbero inserire le vecchie url di poche sezioni alla volta.
Digerite quelle si passerebbe alle altre.
In ogni caso credo sarà sufficiente la sitemap con le url riscritte ed una in versione html (che puoi creare facilmente attivando la riscrittura degli archivi).
Bye.