Se posizioni un logo in percentuale da quasi sempre problemi, io uso i pixel per queste cose.
Riguardo ai problemi tra browser e browser, ti consiglio di fare queste cose:
Assicurati che il sito sia senza errori w3org nell'html Resetta i css con il sistema di Eric Meyer, in questo modo rimuovi tutte i padding/margin inseriti in automatico dai browser. Il codice per resettare il css lo trovi cercando su google "reset css Eric Meyer"