Grazie Ultima della risposta, ma non era esattamente quello che cercavo...forse non mi sono spiegato bene.
Io avevo già una struttura ad albero delle categorie. Il problema maggiore stava nel fatto che necessitavo di un metodo per settare delle variabili di sessione che mi consentissero di filtrare dinamicamente e a scelta dell'utente le query dei post da mostrare a video.
Sbattendoci parecchio la testa sembra che io ci sia riuscito.
in pratica ho creato un piccolo plugin che mi carica in un menu a tendina delle tassonomie personalizzare. Ora ogni volta che si fa una scelta da quella lista viene settata una variabile di sessione. Con la variabile di sessione valorizzata ho potuto fare in modo che il menu di navigazione principale venga filtrato in base a questa variabile.

Per esempio se clicco sul menu "Horror" vedrei tutti i film horror disponibili. Ma se prima scelgo "2012" menu a tendina del plugin allora ogni volta navigherò nelle pagine vedrò solo i film relativi a quell'anno.
Per fare questo ho dovuto intervenire nel Loop principale verificando se la variabile di sessione è settata o meno.