Salve Marianna,
partendo dalla fine del suo discorso, l'iva nel regime dei minimi diventa di fatto un costo. Ciò non significa che sia "irrecuperabile" in senso stretto ma che si deve aggiungere all'imponibile per avere il costo d'acquisto. In pratica se un bene costa 10 + iva all'imprenditore nei minimi costa 12. Per chi vuole svolgere un attività commerciale non è generalmente il regime migliore proprio per questo motivo, ma bisognerebbe valutare più attentamente le sue necessità.
Quando vende un prodotto il prezzo al pubblico si intende normalmente comprensivo di tutto se non altrimenti speicificato (nel qual caso si deve dire ad es. 100 euro più iva ma in questo caso si tratta normalmente di soggetti che vendono all'ingrosso). Saluti

Non è detto che il regime dei minimi non sia opportuno per chi fa ecommerce.
Se vendi solo (o quasi solo) a privati non ti farà gran differenza scomputare o meno l'IVA.
Se tu compri il prodotto X a 100 euro (IVA compresa) e lo vendi a 110 (Iva compresa) il guadagno rimarrà 10 euro come se tu scaricassi l'Iva sull'acquisto e la evidenziassi in fattura per poi restituirla all'erario una volta incassata.
Al privato che acquista il prodotto non interesserà nulla che sia o meno indicata l'IVA (visto che non la può scaricare) ciò che gli importa è solo il prezzo finale.
E rispetto all'ordinario il regime dei minimi è certo più semplice e conveniente.

Il problema vero credo sia quello del fatturato ma su quest'aspetto il commercialista potrà certamente valutare con buona approssimazione.