Il cron job di norma è slegato dal dominio, perchè ragiona sui path del sistema operativo Linux su cui stai operando.
Tant'è che puoi richiamare uno script su un dominio o sottodominio in modo indifferente, se ad ognuno corrisponde un path diverso sei a posto:

dominio PUNTO com -> /var/www/dominio_com
sottodominio1 PUNTO com -> /var/www/sottodominio1
sottodominio2 PUNTO com -> /var/www/sottodominio2

e poi a secondo di dove si trova il tuo script lo richiami con riferimento alla sottocartella, esempio:

30 11 * * * php /var/www/sottodominio1/tuoscript.php
30 11 * * * php /var/www/sottodominio2/altroscript.php

quindi il problema in questi termini praticamente non c'è...