Ciao Maorigirl.
Rispondo alle tue domande.
Che in due ricerche, anche successive, il numero dei risultati vari è abbastanza normale. Oltre che normale direi tipico per gli e-commerce di certe dimensioni: hanno tante pagine, molto simili tra loro, non sempre ben raggiungibili dalla home.
Attraverso gli Strumenti per Webmaster di Google avrai numeri più precisi riguardo l'indicizzazione e la duplicazione dei tag.
Avere molte pagine uguali indicizzabili è un grosso problema e porta ripercussioni negative al posizionamento di tutto il sito: se hai capito come e perché vengono indicizzate, intervieni.
Gli strumenti a tua disposizione sono molti: il rel canonical, il file robots.txt, il meta robots o magari un intervento al software del suggeritore.
Cerca di capire bene i pro ed i contro di ciascun metodo e guarda quale calza meglio al tuo caso.
Per il momento, buon lavoro!