Scusa non avevo capito bene. In effetti parlavi di emesse.
Beh, come dice la parola, intrastat vuol dire tra gli stati e si riferisce alla comunità europea, per cui ciò che è extracomunitario non c'entra. Addirittura non tutto ciò che ha viene emesso da/verso un fornitore/cliente europeo va nell'intrastat: ad es. una prestazione di servizio, una merce movimentata per essere semilavorata... L'intrastat è un riepilogo delle merci movimentate in europa a titolo definitivo.
Da quello che mi dici (ma non so per cosa è stata emessa la fattura) mi sembra di capire che lo sbaglio ci sia stato e se l'intrastat è già partito mi sa che ne può derivare una sanzione per errata compilazione del'intrastat ma potrei sbagliarmi, non conosco le conseguenze previste.
La fattura in tal caso doveva essere registrata col 200.
Informazioni sull'intrastat le trovi sul sito dell'agenzia delle dogane. Basta che cerchi: "Elenchi riepilogativi degli scambi intracomunitari di beni in euro".
Spero di averti risposto