Ciao benvenuto e grazie.

La risposta penso provenga esclusivamente dalla compatibilità tra il tuo regolamento ordinistico e l'inquadramento come dipendente.
Se tale inquadramento non genera alcun problema a livello ordinistico ed il tuo contratto di lavoro prevede anche l'erogazione delle prestazioni specialistiche tipiche dell'ingegnere, direi che non ci sono particolari problemi.
Sotto il profilo meramente fiscale infatti la prestazione è resa dalla tua società, la quale ha reperito in autonomia la risorsa "in grado di firmare".... tale reperimento in realtà è stato "interno", tra le sue risorse dipendenti, rientrando tra le mansioni previste nel contratto di alcune di esse.

Se invece non v'è compatibilità ordinistica, direi che o tu non rendi le "firme" come dipendente, oppure aggiungi al tuo lavoro dipendente l'ulteriore posizione con Iva per l'assolvimento "parallelo" di quelle pratiche, con un compenso diretto capace di ripagarti anche del rischio che altri "normali dipendenti" non corrono.

Certo è che la prima posizione dovrebbe prevedere comunque una copertura assicurativa a tuo favore, in quanto divieni primo responsabile del dichiarato.... anche per questo sarebbe un inquadramento comunque inusuale e che ti espone a maggior rischio (a volte inconsapevole).

Paolo