Ciao,
il rel="nofollow" è un'informazione che usi per comunicare "qualcosa" a Google per il posizionamento della tua pagina / sito web (ovvero stai dicendo allo spider/crawler di google di non seguire quel link durante la scansione del tuo sito/pagina). Ma questa informazione non serve ad Amazon. Il fatto che tu l'abbia inserito lì e "sembra funzionare" vuol dire che probabilmente la stringa che tu passi ad amazon viene "ripulita" e quella parte aggiunta semplicemente ignorata. Ma ai fini dell'indicizzazione non hai fatto nulla.
Tutto questo per dire: aggiungi l'attributo rel="nofollow" semplicemente nel tag a, esempio:
<a href="{il tuo link affiliazione di amazon, esattamente come te lo ha dato amazon}" rel="nofollow">testo di esempio</a>
tutto qui.