Il contratto di collaborazione a progetto, è un contratto delicato ed è necessario applicarlo bene, come tutti i contratti sul lavoro (e non solo).

Il caso più frequente di violazione del contratto di collaborazione a progetto è relativo ad attività lavorative difficilmente soggette a questa categoria (es. la segretaria o l'operaio), nel tuo caso con il ruolo di "Responsabile AQ" sarà un po' più difficile, hai comunque un ruolo con una certa responsabilità, ma se lo definisce "palesemente subordinato" ritengo che il ruolo non sia corrispondente a ciò che effettivamente svolgi.

Dal punto di vista economico è anche necessario valutare se la tua retribuzione è effettivamente inferiore a quella corrispondente se tu fossi inquadrato nella corretta categoria/livello del corrispondente contratto nazionale di categoria (es. terziario e servizi), incluso le retribuzioni accessorie. In genere i contratti a progetto, svincolati dalle retribuzioni minime stabilite nei contratti collettivi nazionali, dovrebbero prevedere retribuzioni superiori: maggior flessibilità per maggior retribuzione.

Il fatto che tu abbia svolto le tue funzioni per più aziende del medesimo gruppo complica le cose, oltre ai documenti potrebbero essere necessarie testimonianze di qualche tuo collega e bisogna approfondire cosa intendi per "gruppo" e le "dimensioni" delle singole aziende del gruppo.

Insomma, come per tanti contenziosi, si possono/devono valutare aspetti da entrambi le parti e sono necessari professionisti esperti per giudicare.