@Marc77 said:

Io, in una situazione simile, ho semplicemente rettificato la dichiarazione di inzio attività recandomi all'ufficio dell'Ag. delle Entrate.

Siamo all'ennesimo caso di Pubblica Amministrazione che non funziona.
Il mio amico è andato alla sede territoriale dell'Agenzia delle Entrate per rettificare la dichiarazione, con tanto di circolare n.7/2008 alla mano (dove proprio l'AdE risponde ad un quesito sul tema).
L'addetto prima ha sbuffato, poi è caduto dalle nuvole, poi ha dichiarato di non essere a conoscenza della circolare, ed infine ha affermato che il loro software è buggato e quindi non permette modifiche.
Soluzione? Scrivere una lettera, farsela protocollare dall'AdE, ed esibirla in caso di controlli o accertamenti.
Siamo alle comiche.
Comunque per dirimere il dubbio che mi ero posto:

si deve fare la rettifica presso l'AdE entro 30 gg dalla dichiarazione si può operare per comportamenti concludenti, ma si rischia una sanzione in caso di accertamento (500.000 lire ridotta ad un quinto se si paga entro 30 gg - non so se abbiano aggiornato i valori in euro).