Ciao e benvenuto,
direi che in effetti apple si comporta oltre quanto forse si potrebbe utilizzare per pagarti le Royalties.
Logicamente sarebbe giusto partire dalla lettura del contratto che si stipulerebbe, ma presumo che normalissimi pagamenti quali "diritti di sfruttamento delle opere dell'ingegno da parte dell'autore" sarebbero più che sufficienti a ossequiare la norma italiana.
Così non è e pretendono fattura... tu non potrai far cambiar loro idea.
Il software è realizzabile quale lavoratore autonomo (quello che chiami professionista) e non per forza come impresa.
Dunque con partita Iva e regime previdenziale agevolato (cista la copertura previdenziale già in atto per l'attività da dipendente).
Magari un regime contabile semplice (es. regime dei minimi).
E verifica di non essere in concorrenza con il tuo attuale datore di lavoro.
Ti rinvio dunque a meditazioni sulla convenienza di tale struttura, semplificata, ma certo non del tutto, con il tuo commercialista di fiducia.
paolo