Immagino che il file XML non risieda sulla stessa macchina del server dove andrai a fare l'importazione. In questo caso, se la macchina è accessibile via Internet, puoi fare un file_get_contents, altrimenti non vedo alternative ad un FTP con un cron (non saprei altrimenti come potresti passare il file XML al server dove risiede MySQL).

Una volta che hai il file sulla macchina di destinazione lanci anche li' un cron ma con le funzioni che ti ho indicato nel precedente messaggio non penso proprio che dovresti avere problemi di timeout - in ogni caso puoi usare h t t p ://php.net/manual/en/function.set-time-limit.php per "allungare" il timeout