Ho deciso di paipassare il problema filtrando i percorsi alle pagine con una finta cartella della lingua es.:

http://www.miosito.com/cartella/pagina.jsp
viene mappato su
http://www.miosito.com/it/cartella/pagina.jsp

Così facendo la struttura del sorgente è rimasta con una pagina per tutte le lingue ma i percorsi sono mappati per lingua ed i robots non avranno dubbi sul modo di indicizzare le pagine.

Comunque la discussione rimane aperta sul primo caso, fatemi sapere.