Quando si tratta di scegliere tra due software di ecommerce a volte non basta neppure mettere a confronto le 1000 caratteristiche dell'uno e dell'altro per effettuare una scelta che per te sarà giusta al 100%.
Per iniziare credo che Prestashop sia più user friendly, Magento l'ho usato una sola volta e mi è sembrato un mattone, ma è un ottimo cms.