Premetto che non ho mai usato Joomla, ma provo a essere utile.
Nella pagina di configurazione del mod_rewrite non ci sono i campi in cui vengono riportate le strutture delle nuove URL? Un qualcosa del tipo

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Perfetto, abbiamo spostato la tua domanda nella sezione migliore.
Vediamo se qualche utente che conosce Joomla può darti qualche consiglio.

Valerio Notarfrancesco