Rilevo una prima incongruenza relativa al fatto che contemporaneamente svolgi le mansioni di segretaria "dipendente apprendista" e segretaria "dipendente non apprendista" ad un controllo incrociato un ispettore INPS potrebbe sollevare un problema e dovreste, tu ed il datore di lavoro che ti ha assunto come "apprendista", spiegare/motivare le ragioni dell'apprendistato, in presenza di una qualifica (livello 4s) certificata mensilmente dai cedolini paga dell'altro datore di lavoro.
Eseguire attività extra contrattuali di carattere "occasionale" per la propria azienda presso la quale si è assunti come "apprendista" mi pare difficile da spiegare/motivare, ma spero che qualcuno più esperto di me possa intervenire. Per sicurezza suggerisco di chiedere un parere alla Camera del Lavoro locale o alla sede territoriale della Agenzia delle Entrate: in questo modo potresti ottenere informazioni più "sicure" (magari ti fai anche scrivere un parere) in modo da evitare eventuali future contestazioni.