Innanzitutto è corretto emettere fattura senza ritenuta d'acconto in caso di impresa e non di lavoratore autonomo, distinzione che non era emersa nella discussione.
Per quanto riguarda la questione dei minimi dalle cui fatture non si può scaricare l'Iva, mi sembra un timore un pò eccessivo.
Sicuramente il cliente-commercialista, che per mestiere sa il fatto suo, ha avuto convenienza ad importi un simile comportamente fiscale (ovviamente elusivo).
Considera però il rovescio della medaglia, e cioè che in caso di uscita dal regime dei minimi sulla fattura del lavoro al commercialista avresti dovuto applicare il 20% di Iva anche nel caso in cui fosse stato un cliente privato che non può scaricarsi l'Iva. Quindi probabilmente la piccola "sconvenienza" che si ha in caso di cliente con partita Iva si compensa con la convenienza per il cliente privato.