Sono opportune delle precisazioni che faccio visto che dici di non essere molto pratico di questioni legali.

Non tutti i reati risulteranno nel certificato, quelli più gravi sono esclusi (omicidio, rapina, pedofilia...). Puoi trovare un elenco completo all'art. 407, comma 2 lettera a del codice di procedura penale (scrivi così su Google e troverai l'elenco in uno dei link suggeriti). È facoltà del PM che sta indagando, se c'è una iscrizione, farla secretare per massimo 3 mesi dalla prima istanza. In questo caso il certificato risulterà negativo. Ovviamente ciò si fa solo in indagini particolarmente delicate o ramificate, o in cui ci si sta preparando a fare un atto a sorpresa (sequestro, perquisizione...) normalmente non ci sono ragioni per negare il nulla osta. L'iscrizione nel registro degli indagati non è immediata in seguito alla ricezione della notizia di reato... di norma si consiglia di fare il 335 3-4 mesi dopo il fatto per stare tranquilli. Se l'indagine è verso ignoti, naturalmente, non apparirà nulla finché questo ignoto non diventerà noto. Ciò solitamente dilata i tempi. Il 335 è specifico per il registro delle notizie di reato di ciascuna Procura perciò se stai per fare la richiesta, è opportuno che valuti a quale Procura farla: non necessariamente è quella della tua provincia, dipende dalla c.d. "competenza territoriale" del presunto reato che ti preoccupa. Ad esempio se il reato si è verificato a Roma ma tu vivi a Milano, dovrai inviare (per posta chiaramente) la richiesta a Roma e non a Milano. I tempi di risposta dipendono da Procura a Procura: normalmente non meno di una settimana e non più di un mese. Alla richiesta è sempre necessario accludere una fotocopia della carta d'identità della persona per cui stai richiedendo informazioni, altrimenti non riceverai risposta. Generalmente, se il nome dell'indagato è noto, il primo atto d'indagine è contattarlo anche informalmente (con una telefonata o un biglietto consegnato a mano senza formalità) per convocarlo e procedere a identificazione, elezione di domicilio e nomina del difensore. Ciò si fa nelle prime settimane, ma non è un obbligo e non puoi ritenerti tranquillo se non è accaduto; devi procedere al 335 di cui sopra.

Se hai dei dubbi o sei in imbarazzo, rivolgiti ad un avvocato: saprà risolvere eventuali dubbi sulla competenza territoriale, è una procedura molto semplice e molto spesso gli avvocati hanno un accesso informatizzato speciale (non devono mandare buste cartacee, fanno tutto da pc). Il costo è ovviamente contenuto. Se pensi di riuscirci, fa' comunque da solo, non c'è ragione di spendere soldi invano; nella malaugurata ipotesi risultino iscrizioni, invece, è opportuno rivolgersi immediatamente ad un legale.