Ora ho capito quale era il tuo dubbio.
A mio giudizio non dovrebbe essere un problema anche perchè la friendly page è una pratica usata in molte webapp e non credo proprio che presentare dei contenuti all'utente in caso di header 404 crei problemi in termini di seo anzi.
Il fatto stesso che gli strumenti per il webmaster di google ti segnalino il fatto che dovresti avere una pagina su cui redirigere i 404 credo sia a supporto di questa teoria.
L'unica cosa "negativa" che mi viene in mente è questa:
supponi che google metta tra i risultati una pagina che non esiste più e supponiamo che questa pagina sia "libri_consigliati.html".
Quando un utente ci clicca sopra risponde un 404 che lo porta alla home che supponiamo non abbia nulla a che vedere con i libri consigliati.
Allora in tal caso, potrebbero esserci problemi perchè google ha indicizzato qualcosa che non corrisponde più al contenuto.
In questi casi sarebbe opportuno togliere la pagina dagli elenchi di google con gli strumenti che google stesso mette a disposizione.